肝門靜脈及其屬支組成了肝門靜脈系。 主要機能是將消化道吸收的物質運送至肝， 在肝內進行合成、 分解、 解毒、 貯存， 故肝門靜脈可看作肝的功能性血管。
肝門靜脈hepatic portal vein 是肝門靜脈系的主幹， 長約6～8cm， 直徑約1.25cm， 由腸系膜上靜脈和脾靜脈在胰頭和胰體交界處的後方匯合而成（相當第2 腰椎高度） ， 向右上斜行進入肝十二指腸韌帶內， 經肝固有動脈和總膽管的後方上行至肝門， 分左、 右兩支分別入肝左葉和肝右葉， 在肝內反覆分支，最後匯入肝血竇， 與肝固有動脈分支流入肝血竇的血共同經肝細胞代謝後導入小靜脈， 再逐級匯入肝靜脈。 肝門靜脈不同一般靜脈， 其回流的起始端和分支末端都與毛細血管相連， 而且屬支內缺少功能性的靜脈瓣， 因此， 肝門靜脈壓力過高時， 血液易發生倒流。
肝門靜脈收集食道下段、 胃、 小腸、 大腸（直腸下部除外）、 膽囊、 胰和牌等腹腔不成對器官的靜脈血。

（1） 肝門靜脈的主要屬支：

1) 腸繫膜上靜脈superior mesenteric vein：

與同名動脈伴行， 走行於小腸系膜內， 收集十二指腸至結腸左曲之間腸管及部分胃和胰腺的靜脈血注入肝間靜脈， 其回結腸附近的靜脈幹小屬支較少， 距下腔靜脈近， 在肝門靜脈高壓症時， 常在此處行腸系膜上靜脈一下腔靜脈吻合術，分流肝門靜脈血液以進行治療。

2) 腸繫膜下靜脈inferior mesenteric vein：

與同名動脈伴行，收集降結腸、乙狀結腸及直腸上部的靜脈血向右上行， 至胰頭後方注入脾靜脈或腸系膜上靜脈， 少數注射上述兩靜脈匯合處的夾角內。

3） 脾靜脈 splenic vein：

由數條小靜脈在牌門處匯合而成， 經胰後方、 脾動脈下方向 右行，多與腸系膜上靜脈以直角匯合成肝門靜脈。 脾靜脈收集脾臟、 胰及部分胃的靜脈血， 也常接納腸系膜下靜脈。

4） 胃左靜脈 left gastric vein：

與胃左動脈伴行， 收集胃及食道下段的靜脈血液注入肝門靜脈。

5) 胃右靜脈 right gastric vein：

與胃右動脈伴行， 並與胃左靜脈吻合， 注射肝門 靜脈前多接收幽門前靜脈， 後者是胃與十二指腸的分界標誌之一。 胃右靜脈收集同名動 脈分佈區的血液。

6） 膽囊靜脈 cvstic vein：

收集膽囊壁的靜脈血， 可注射肝門靜脈或其右支， 膽囊上 面的靜脈也可直接入肝。

7) 附臍靜脈 paraumbilical veins：

是起於臍週靜脈網的數條小靜脈， 沿肝圓韌帶向 肝下面走行注入肝門靜脈。

（2） 肝門靜脈系與上、 下腔靜脈系之間的吻合部位：

肝門靜脈系與上、 下腔靜脈系之間存在豐富的吻合， 在肝門靜脈因病變而回流受阻時， 通過這些吻合可產生側支循環途徑， 因此， 肝門靜脈與上、 下腔靜脈的吻合有重要的臨床意義， 其主要吻合部位如下：
l） 透過食道下段黏膜下層內的食道靜脈叢使肝門靜脈系的胃左靜脈屬支與上腔靜脈系中奇靜脈的屬支間相互吻合交通。
2） 經由直腸下段黏膜下層內的直腸靜脈叢使肝門靜脈系的腸系膜下靜脈屬支與下腔靜脈系髂內靜脈的屬支之間相互吻合交通。
3） 透過臍周圍皮下組織內的臍周圍靜脈網使肝門靜脈系的附臍靜脈與上腔靜脈系的腹壁上靜脈和胸腹壁靜脈間相吻合； 或與下腔靜脈系的腹壁下靜脈和腹壁淺靜脈間相吻合。
4） 經由肝裸區、 胰、 十二指腸、 升結腸、 降結腸使腸系膜上、 下靜脈的小屬支與腹後壁上、下腔靜脈系中肋間後靜脈、 隔下靜脈、 腰靜脈、 腎靜脈的小屬支間相吻合。
5） 經由脊椎靜脈叢使貼近腹後壁的腸繫膜上、 下靜脈和牌靜脈的小屬支與上、 下腔靜脈系的肋間後靜脈、 椎靜脈、 腰靜脈的屬支間相吻合。
正常情況下， 肝門靜脈系和上、 下腔靜脈系之間的吻合支細小， 血流量少， 各屬支分別將血液引流向所屬的靜脈系。 若肝門靜脈回流受阻（如肝硬化等）， 由於肝門靜脈內缺少功能性瓣膜， 致使其中的血液可以逆流， 並透過上述諸吻合途徑建立側支循環， 分別經上、 下腔靜脈回流入心。 此時， 可造成吻合部位的細小靜脈曲張， 甚致破裂。 如食道靜脈叢曲張、 破裂， 造成嘔血；直腸靜脈叢曲張、 破裂， 可造成便血； 臍周圍靜脈網及腹後壁等部位靜脈曲張， 則引起腹前壁靜脈曲張、 腹水等體徵。 另一方面， 由於消化管吸收的有毒物質、 代謝分解產物、 藥物等未經肝門靜脈運至肝進行解毒或分解， 致使有害物質積聚中毒， 病情將更加惡化。